利家の死と三成の隠退によって、家康に正面切って対抗できる豊臣恩顧の武将は政権中枢に存在しなくなった。さらに他の大老である毛利輝元・宇喜多秀家・上杉景勝も自身の領地へ帰国したことにより、豊臣政権はほぼ家康の独断で切り回される事態になった。1599年9月7日、家康は重陽の節句で秀頼への挨拶を口実に伏見城を二男・結城秀康に預け大坂城に登城した。伏見城に居ることは秀吉の遺命であったが、家康はこれに背いたことになる。そして同日、利家の嫡男で加賀金沢城主である前田利長が家康を暗殺するという陰謀があったと発表する。
これは利長を首謀者として五奉行筆頭の浅野長政、秀頼・淀殿側近の大野治長、および加賀野々市城主の土方雄久が大坂城登城中の家康を襲撃し暗殺するというものである。一説には五奉行の増田長盛と長束正家が讒訴（ざんそ）したとも、家康自らが故意に流布したものともいわれるが、情報の出所は不明である。しかし家康はこの「暗殺計画」を最大限に利用。警護の名目で譜代の家臣と兵を引き連れて大坂城に入城し、そのまま居座った。10月2日、暗殺計画に加担した諸将に対する処分が家康より発表され、長政は本拠である甲斐府中に蟄居を命じられ、治長は下総結城、雄久は常陸水戸に流罪となった。翌3日には首謀者である利長を討伐すべく「加賀征伐」の号令を大坂に在住する諸大名に発し、加賀小松城主である丹羽長重に先鋒を命じた。金沢に居た利長はこの加賀征伐の報に接し、迎撃か弁明の択一を迫られたが、結局重臣である横山長知を家康の下へ派遣して弁明に努めた。家康は潔白の証明として人質を要求、利長の母で利家正室であった芳春院（まつ）が人質として江戸に派遣することで落着した。現在の学説ではこの暗殺計画は家康のでっち上げとする説が有力であるが、この一件で家康は徳川氏に次いで豊臣家中で声望のあった前田氏を、兵を用いずに自らの統制下に置いた。
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さらに家康は高台院（おね）退去後の大坂城西の丸を本拠として居座り、ここから矢継ぎ早に独断で大名への加増や転封を実施した。これは来るべき時を迎えるにあたって、一人でも多く味方を増やすための多数派工作であった。細川忠興に豊後杵築6万石、堀尾吉晴に越前府中5万石、森忠政に信濃川中島13万7,000石、宗義智に1万石を加増。文禄・慶長の役で落度があったとして福原長堯らを減封処分とし、田丸直昌を美濃苗木へ転封とした。本来五大老・五奉行の合意が無ければ行使できない事項である大名の加増・転封を独断で実施するという横暴に出たのである。また一時中断していた婚姻政策を再開し、家康の専横はますます増大していった。